Публикации и Конференции

Статьи в зарубежных журналах

2013 год

  1. Kapun E., Tsarev F. On NP-Hardness of the Paired de Bruijn Sound Cycle Problem / Algorithms in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. Springer Berlin Heidelberg. Vol. 8126, pp. 59-69, doi: 10.1007/978-3-642-40453-5_6 http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-40453-5_6# http://arxiv.org/pdf/1307.7806.pdf
  2. Keith R Bradnam, Joseph N Fass et al. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species // GigaScience 2013, 2:10 (22 July 2013), doi:10.1186/2047-217X-2-10. http://www.gigasciencejournal.com/content/2/1/10
  3. Kapun E., Tsarev F. De Bruijn Superwalk with Multiplicities Problem is NP-hard / BMC Bioinformatics.2013, 14(Suppl.5.Proceeding of the Third Annual RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing (RECOMB-seq 2013)): S7. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/S5/S7

Статьи в журналах из перечня ВАК

2013 год

  1. Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома // Изв. Сарат. ун-та. Нов.сер. Сер. Математика. Механика. Информатика. 2013. Вып.2. Ч. 2, с. 51–57. Статья

2012 год

  1. Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. Вып. 6 (82). c. 93-98. Статья

2011 год

  1. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики. 2011. № 5, с. 81–84. Статья

Доклады на конференциях

2014 год

  1. A. Sergushichev, E. Pearce, M. Artyomov. GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis / Metabolism and Immunity: A Rediscoverd Frontier 2014 (poster)
  2. S. Kazakov, A. Shalyto. Ovarlap graph simplification using edge reliability calculation / In Proceedings of the 8th International Conference on Intelligent Systems and Agents 2014 (ISA 2014). Lisbon, Portugal. 2014. pp. 222-226. Статья

2013 год

  1. Алгоритм сборки генома для экзафлопсных вычислительных систем / Выставка "Итоги реализации федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса РФ на 2007-2013 годы". Постер
  2. Akhi A., Sergushichev A., Tsarev F. Maximum Likelihood Scaffold Assembly / 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2013). Постер
  3. Kapun E., Tsarev F. De Bruijn Superwalk with Multiplicities Problem is NP-hard / Third Annual RECOMB Satellite Workshop On Massively Parallel Sequencing (RECOMB-SEQ 2013). Презентация
  4. Kapun E., Tsarev F. On NP-Hardness of the Paired de Bruijn Sound Cycle Problem / 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics
    (WABI 2013). Презентация

2012 год

  1. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Совместное применение графов де Брёйна, графов перекрытий и микросборки для de novo сборки генома. / Сборник тезисов III международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». С. 45–46. Abstract
  2. Ахи А. А., Нигматуллин Н. Г., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н. Метод оценки расстояния между контигами на основе принципа максимального правдоподобия. / III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Постер
  3. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий / Труды Конгресса по интеллектуальным системам и информационным технологиям «IS&IT’12». М.: Физматлит, 2012. Т. 3, c. 283-288. Тезисы доклада
  4. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Федотов П. В., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Параллельный алгоритм de novo сборки генома с использованием технологии MapReduce / Сборник трудов международной суперкомпьютерной конференции "Научный сервис в сети Интернет: поиск новых решений" и конференции молодых ученых "Теория и практика параллельного программирования". М.: МГУ. 2012, с. 679-682. Тезисы доклада
  5. Alexandrov A., Kazakov S., Melnikov S., Sergushichev A., Shalyto A., Tsarev F. Combining de Bruijn graph, overlaps graph and microassembly for de novo genome assembly. / Proc. of «Bioinformatics 2012». Stockholm, 2012, p. 72. Abstract, Постер

2011 год

  1. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н. Метод сборки геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий. Конференция "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика". 14 – 17 ноября 2011 г., Новосибирск. Дом ученых СО РАН. Программа конференции
  2. Александров А. В. Разработка алгоритма сборки геномных последовательностей по парным чтениям. Международная научно-практическая конференция "Современные информационные технологии и ИТ-образование". 7–11 ноября 2011 г., МФТИ, Долгопрудный. Программа конференции
  3. Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Программирование олимпиадными командами как разновидность экстремального программирования для решения задач дискретной математики на примере сборки генома. Конференция "Разработка ПО 2011" (CEE-SECR 2011). Москва. Анонс доклада, Презентация
  4. Сергушичев А. А., Исенбаев В. В., Царев Ф. Н., Прохорчук Е. Б., Шалыто А. А. Разработка метода восстановления фрагментов нуклеотидных последовательностей по парным чтениям. Вторая Межвузовская научная конференция по проблемам информатики (СПИСОК – 2011). Матмех. СПбГУ, 29.04.2011. Секция «Автоматное управление, эволюционные алгоритмы, верификация на моделях» (руководитель – А.А. Шалыто). Тезисы доклада
  5. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Прохорчук Е. Б., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Разработка метода удаления ошибок из набора чтений нуклеотидной последовательности. Вторая Межвузовская научная конференция по проблемам информатики (СПИСОК – 2011). Матмех. СПбГУ, 29.04.2011. Секция «Автоматное управление, эволюционные алгоритмы, верификация на моделях» (руководитель – А.А. Шалыто). Тезисы доклада
  6. Александров А. В., Казаков С. В., Сергушичев А. А., Мельников С. В., Исенбаев В. В., Царев Ф. Н. Метод сборки генома с помощью восстановления его аргументов по парным чтениям. VIII Всероссийская межвузовская конференция молодых ученых. СПбГУ ИТМО. 12-15 апреля 2011.
  7. Sergushichev A., Alexandrov A., Kazakov S., Melnikov S., Isenbaev V., Tsarev F. Combining "overlap-layout-consensus" and de Brujin graph approaches for de novo genome assembly. Sequence Mapping and Assembly Assessment Project workshop. Barcelona, April 5th, 2011. Слайды доклада

Свидетельства о регистрации программ для ЭВМ и патенты

2012 год

  1. Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Федотов П. В., Царев Ф. Н. Программное средство для сборки квазиконтигов из парных чтений // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ. № 2012614488. Дата регистрации - 27.07.2012. Скан свидетельства

2011 год

  1. Александров А. В., Исенбаев В. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н. Программное средство для удаления ошибок из набора чтений нуклеотидной последовательности // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ №2011614454. Дата регистрации - 06.06.2011. Скан свидетельства

Дипломные работы

2013 год

  1. Ахи А. А. Разработка метода сборки скэффолдов геномных последовательностей на основе принципа максимального правдоподобия. НИУ ИТМО. Магистерская работа. 2013. Текст работы
  2. Александров А. В. Разработка метода исправления ошибок вставки и удаления в наборе чтений нуклеотидной последовательности. НИУ ИТМО. Магистерская работа. 2013. Текст работы
  3. Сергушичев А. А. Разработка метода восстановления фрагментов генома по парным чтениям с ошибками вставки и удаления. НИУ ИТМО. Магистерская работа. 2013. Текст работы
  4. Казаков С. В. Разработка алгоритма упрощения графа перекрытий при сборке геномных последовательностей. НИУ ИТМО. Магистерская работа. 2013. Текст работы

2012 год

  1. Мельников С. В. Разработка алгоритма разбиения набора парных чтений на части для параллельного восстановления фрагментов геномной последовательности. НИУ ИТМО. Бакалаврская работа. 2012. Текст работы

2011 год

  1. Александров А. В. Разработка метода удаления ошибок из набора чтений нуклеотидной последовательности. НИУ ИТМО. Бакалаврская работа. 2011. Текст работы
  2. Сергушичев А. А. Разработка метода восстановления фрагментов нуклеотидной последовательности по парным чтениям. НИУ ИТМО. Бакалаврская работа. 2011. Текст работы

Награды и дипломы

  1. Почетная грамота финалиста конкурса "БИТ-Северо-запад". Проект "CloudGenomics - облачный сервис для обработки и хранения геномных данных". Скан диплома
  2. Диплом за участие в выставке "Итоги реализации Федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса РФ 2007-2013 годы". Скан диплома

Разное

  1. Сергушичев А. А., Царев Ф. Н. Сборка генома и технология MapReduce. // Журнал «Суперкомпьютеры». 2012. №12. Статья
  2. Подана в журнал "Nucleic Acids Research" статья "The de novo Genome Assembly Assessment Project - dnGASP" (авторы: Tyler Alioto, Andre Corvelo, Paolo Ribeca, Shaun Jackman, Rod Docking, Inanc Birol, Ruibang Luo, Zhenyu Li, Yinlong Xie, Binghang Liu, Yingrui Li, Jun Wang, Bryan R. Downie, Philipp Koch, Ekaterina E. Khrameeva, Egor B. Prokhortchouk, Zemin Ning, Jared T. Simpson, Richard Durbin, Alexey Sergushichev, Sergey Kazakov, Anton Alexandrov, Fedor Tsarev, Sergey Melnikov, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Guillaume Chapuis, Delphine Naquin, Nicolas Maillet, Simon Heath, Ivo G. Gut).