Сборщик генома

Доступен ITMO de novo Genome Assembler версии 0.1.5 (сборка 287, 4 июня 2016).

Он может осуществлять сборку контигов как из парных чтений, так и из непарных.
Чтения, с которыми работает сборщик, могут быть получены как с Illumina секвенаторов, так и с Ion Torrent секвенаторов (с ошибками вставки и удаления).
Сборщик может быть запущен как из командной строки, так и через простой и понятный пользовательский интерфейс:
img

Ссылки для скачивания:

  • itmo-assembler.sh - для запуска сборщика под Unix-like операционных системах (сборка тестировалась под Ubuntu, Debian, Maс OS);
  • itmo-assembler.bat - для запуска под Windows (сборка тестировалась под Windows 7);
  • itmo-assembler.jar - для запуска под другими платформами.
  • itmo-assembler-src.jar - Исходный код сборщика.

Для запуска сборщика необходима установленная JRE версии не меньше 1.6 (скачать можно здесь).
Никаких дополнительных установок сборщик ITMO de novo Genome Assembler не требует, необходимо просто скачать его и запустить.

Для запуска сборщика под UNIX сначала поставьте права на запуск командой chmod +x itmo-assembler.sh, а потом используйте команду ./itmo-assembler.sh.
Для запуска сборщика под Windows используйте команду itmo-assembler.bat.
Для запуска сборщика под другими платформами используйте команду java -jar itmo-assembler.jar.

После запуска этой команды появится графический интерфейс сборщика.
Если Вы хотите работать со сборщиком в командной строке, добавьте параметр -h при первом запуске и сборщик выведет на экран текстовую инструкцию по его запуску.

Перед запуском удостоверьтесь, что на жестком диске достаточно свободного места. Создаваемые в процессе работы временные файлы не удаляются, чтобы была возможность возобновить сборку генома с любого этапа.

Предыдущие версии сборщика могут быть найдены в genome.ifmo.ru/files/software/assembler.
По адресу genome.ifmo.ru/files/software/assembler/nightly можно скачать ночные сборки.